(三十五)中国科学院上海生命科学研究院专家系列学术报告(9月29日)

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　　(三十五)中国科学院上海生命科学研究院专家系列学术报告(9月29日)

　　时间：2018年9月29日下午2：00

　　地点：生科楼E2004

　　报告一题目：再生生物学前沿进展

　　徐麟 2014年基金委“优青”

　　个人简历：

　　1998-2002 上海交通大学生命科学技术学院 学士

　　2002-2005 上海交通大学生命科学技术学院 硕士

　　2005-2008 法国斯特拉斯堡第一大学 博士

　　2008-2013 中科院上海植物生理生态研究所 副研究员

　　2013-至今 中科院上海植物生理生态研究所 研究员

　　主要研究工作内容： 植物干细胞与再生

　　再生能力是植物在严酷的自然环境下能够保持长久生命力的重要原因之一，也被人们广泛运用于农业实践中。近年来利用模式植物的研究发现，很多植物的再生过程，其本质是干细胞的命运转变，其基础是干细胞的全能性与可塑性。因此，解析植物再生过程本质，需从了解干细胞的属性开始。对植物干细胞的认识，是人为操控植物再生与器官形态发生的关键，也是将分子手段应用于现代农业再生技术的基础。目前我们的研究集中在三个方面：(1)再生过程中的干细胞命运转变;(2)再生的伤口信号;(3)干细胞与再生能力的演化历程。

　　代表成果

　　1. Liu W., Xu L.* (2018) Recruitment of IC-WOX genes in root evolution. Trends Plant Sci. 23(6): 490-496

　　2. Xu L.* (2018) De novo root regeneration from leaf explants: wounding, auxin, and cell fate transition. Curr. Opin. Plant Biol. 41:39-45 [Invited review]

　　3. Sheng L.#, Hu X.#, Du Y., Zhang G., Huang H., Scheres B., Xu L.* (2017) Non-canonical WOX11-mediated root branching contributes to plasticity in Arabidopsis root system architecture. Development 144(17): 3134-3144

　　4. Hu X., Xu L.* (2016) Transcription factors WOX11/12 directly activate WOX5/7 to promote root primordia initiation and organogenesis. Plant Physiol. 172(4):2363-2373

　　5. Chen X., Cheng J., Chen L., Zhang G., Huang H., Zhang, Y., Xu L.* (2016) Auxin-independent NAC pathway acts in response to explant-specific wounding and promotes root tip emergence during de novo root organogenesis in Arabidopsis. Plant Physiol. 170(4):2136-2145

　　6. Liu J.#, Sheng L.#, Xu Y.#, Li J., Yang Z., Huang H. and Xu L.* (2014) WOX11 and 12 are involved the first-step cell fate transition during de novo root organogenesis in Arabidopsis. Plant Cell. 26(3):1081-1093

　　7. He C., Chen X., Huang H. and Xu L.* (2012) Reprogramming of H3K27me3 is critical for acquisition of pluripotency from cultured Arabidopsis tissues. PLoS Genet. 8(8): e1002911.

　　报告二题目：转录以及转录调控

　　张余 2016年中组部“青千”

　　2018年基金委“优青”

　　个人简历：

　　2000-2004 复旦大学生命科学学院 学士

　　2004-2009 中科院上海药物研究所 博士

　　2009-2015 美国Rutgers University 博士后

　　2015-至今 中科院上海植物生理生态研究所 研究员

　　研究方向：主要研究工作内容： 转录以及转录调控的分子机制

　　基因组中的遗传信息得以表达，需要RNA聚合酶进行转录。以DNA为模板合成RNA的转录过程不仅是基因表达第一步，还是基因表达的主要调控步骤。因此对RNA聚合酶分子机器结构、运行机理以及调控机制的研究能够回答基因表达精密调控的基础生物学问题。同时细菌之间RNA聚合酶非常保守，而细菌与人RNA聚合酶保守性较差，因此细菌RNA聚合酶是抗细菌药物的优良靶点。

　　本课题组围绕单亚基和多亚基的RNAP 分子机器为中心，探索转录的调控机制，同时以细菌的RNA聚合酶为靶点，开发新型的抗生素，本课题组结合生物化学、结构生物学以及微生物学等手段研究以下几方面内容：

　　1. RNA聚合酶转录起始、延伸以及终止过程分子机制;

　　2. RNA聚合酶转录起始、延伸以及终止过程的调控机制;

　　3. 以细菌RNA聚合酶为靶点的新型抗生素发现;

　　代表成果:

　　1、Xiaoxian Wu#, Diane L. Haakonsen#, Allen G. Sanderlin, Yue J, Liu, Liqiang Shen, Ningning Zhuang, Michael T. Laub*, Yu Zhang*. Structural insights into the unique mechanism of transcription activation by Caulobacter crescentus GcrA. Nucleic Acids Research 2018. 46 (6): 3245-3256.

　　2、Xiaobiao Han#, Liqiang Shen#, Qijun Wang, Xufeng Cen, Jin Wang, Meng Wu, Peng Li, Wei Zhao*, Yu Zhang*, and Guoping Zhao*. Cyclic AMP inhibits the activity and promotes the acetylation of acetyl-CoA synthetase through competitive binding to the ATP/AMP pocket. Journal of Biological Chemistry 2017 292: 1374-1384.

　　3、Sonia I. Maffioli#, Yu Zhang#, David Degen#, Thomas Carzaniga, Giancarlo Del Gatto, Stefania Serina, Paolo Monciardini, Carlo Mazzetti, Paola Guglierame, Gianpaolo Candiani, Alina Iulia Chiriac, Giuseppe Facchetti, Petra Kaltofen, Hans-Georg Sahl, Gianni Dehò, Stefano Donadio*, and Richard H. Ebright*. Antibacterial nucleoside-analog inhibitor of bacterial RNA polymerase: pseudouridimycin. Cell 2017, 15;169(7):1240-1248.e23

　　4、Jeremy G. Bird#, Yu Zhang#, Yuan Tian, Natalya Panova, Ivan Barvík, Landon Greene, Min Liu, Brian Buckley, Libor Krásný, Jeehiun K. Lee, Craig D. Kaplan, Richard H. Ebright*, Bryce E. Nickels*. The mechanism of RNA 5" capping with NAD+, NADH, and desphospho-CoA. Nature 2016, 535(7612): 444-447.

　　5、Jared T Winkelman#, Irina O Vvedenskaya#, Yuanchao Zhang#, Yu Zhang#, Jeremy G Bird, Deanne M Taylor, Richard L Gourse, Richard H Ebright*, Bryce E Nickels*. Multiplexed protein-DNA cross-linking: Scrunching in transcription start site selection. Science 2016, 351(6277):1090-1093

　　6、Yu Zhang#, David Degen#, Mary X Ho#, Elena Sineva, Katherine Y Ebright, Yon W Ebright, Vladimir Mekler, Hanif Vahedian-Movahed, Yu Feng, Ruiheng Yin, Steve Tuske, Herbert Irschik, Rolf Jansen, Sonia Maffioli, Stefano Donadio, Eddy Arnold, Richard H Ebright*. GE23077 binds to the RNA polymerase “I” and “I+1” sites and prevents the binding of initiating nucleotides. Elife 2014, 3, e02450

　　7、Yu Zhang, Yu Feng, Sujoy Chatterjee, Steve Tuske, Mary X Ho, Eddy Arnold, Richard H Ebright*. Structural basis of transcription initiation. Science 2012, 338 (6110), 1076-1080

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